O século XIX trouxe o encantamento do Romantismo, evidenciado através da nova concepção dos espaços ajardinados, na construção dos canteiros, nos caminhos empedrados em pedra rolada, nas fontes em pedra de fajôco, bem como na localização das casinhas de prazer, espaços melancólicos, bem ao gosto da época.
A Quinta das Cruzes possui um amplo parque ajardinado, de inspiração Romântica, envolvido por árvores centenárias de grande porte, que ladeiam os caminhos empedrados em calhau rolado. A área total da Quinta, com cerca de 1 hectare, contempla área ajardinada e edificada, grutas, fontanários construídos em pedra de fajôco, um miradouro com vista sobre a baía do Funchal e outros pequenos espaços.
É também neste espaço que se localiza a pintura mural (fresco) que se encontra sobre o frontispício de um dos fontanários, descoberta casualmente em 1998, e que data de finais do século XVIII.
O Jardim que constitui parte integrante e fundamental desta unidade museológica, apresenta ainda a criação de espécies botânicas endémicas e indígenas da Ilha da Madeira e um «Orquidário».
Este jardim integra a rede de Jardins Botânicos da Região, sob a tutela partilhada da direcção do Museu e do Jardim Botânico da Madeira, sendo a gestão das espécies botânicas/naturais, que se encontram no parque da competência da respectiva entidade, sob a tutela da Secretaria Regional do Ambiente e Recursos Naturais/Instituto das Florestas e da Conservação da Natureza.