O Museu Quinta das Cruzes garante as condições adequadas e promove as medidas preventivas necessárias à conservação dos bens culturais que se encontram à sua guarda, de acordo com as normas e orientações veiculadas pelas entidades competentes nesta matéria.
A conservação do edifício e dos bens culturais que constituem o espólio do Museu, obedece ao Plano de Conservação Preventiva do Museu Quinta das Cruzes, elaborado de acordo com as especificidades próprias da Instituição, procurando definir os princípios e prioridades no âmbito da conservação preventiva e a implementação dos respectivos procedimentos.
Assim, importa relevarmos que o bom estado de conservação do edifício corresponde à primeira medida para a salvaguarda das colecções.
No que concerne ao espaço Museu Quinta das Cruzes, tendo em vista as especificidades da sua arquitectura e as tipologias construtivas utilizadas ao longo de quase cinco séculos, as acções de consolidação de estruturas, materiais, equipamentos e o tratamento de patologias do respectivo imóvel têm sido determinantes para a sua preservação e consequentemente para os bens culturais que se encontram no seu interior.
Sendo este um edifico histórico, emblemático da cidade do Funchal, classificado como Imóvel de Interesse Público (Decreto 36.383, de 28 de Junho de 1947), qualquer intervenção ou projecto de remodelação é cuidadosamente analisado, orientado e fiscalizado pela Direcção de Serviços de Museus e Património Cultural, da Direcção Regional da Cultura.
O segundo momento, no que concerne à conservação preventiva das colecções, caracteriza-se pela análise e definição de critérios utilizados na concepção e organização dos espaços interiores (exposição permanente, reservas, e outros espaços técnicos) que devem ser adequados à realidade própria de cada museu, tendo em vista a natureza e tipologia das suas colecções e as condições climatéricas e ambientais da região onde se inserem.
Conservar é uma função prioritária, transversal a todas as outras funções museais e exige uma atenção continuada, procedimentos, rotinas e boas práticas diárias.
A monitorização das condições ambiente, particularmente no que se refere ao controlo dos valores da temperatura, humidade relativa e nível de iluminância, abrangendo as diferentes áreas e espaços do museu, bem como o controlo integrado de pestes, são tarefas prioritárias e efectuadas regularmente nesta instituição.